眼藥宜存放在陰涼、避光的地方，室温最好不超過25度。但夏季室温超過了25度，因此眼藥在夏季應放在冰箱內保存。因為温度、光線、時間是影響眼藥藥效的三大主要因素。
已開封或溶解後的眼藥如利福平眼藥等，不宜久置，使用時間一般是三五天，至多不超過一週。用不完的眼藥必須丟棄，不能放到下次患病時再用。每次使用眼藥前都要檢查眼藥的色澤、透明 度、有無黴菌、使用中是否刺激性突然增強等等，一旦發生這些變化，不論眼藥開封、溶解時間多麼短也不能再用。
開眼藥瓶蓋時應先洗手，開瓶所用的剪刀、針應嚴格消毒; 滴藥時不能靠近眼皮，以防眼病污染入藥瓶內;滴完後必須將藥瓶蓋扭緊，防止空氣帶菌侵入;有的眼藥如治療青光眼的毒扁豆鹼、 貝他根等，保管和使用時還應注意避光。
