故事發生在21世紀中期，祕密組織絆腳石的兩名成員伯恩和紅毒蛇，前往一個遠在北境的美軍基地，企圖偷取這裏研發的質子武器。沿途他們遭到了一個機器人的襲擊，伯恩用狙擊槍射斷了它的一隻手臂。
來到基地後，他們被懷疑為間諜，投入大牢。隨即，基地遭到了大批機器人的進攻，美軍有序作戰，擋住了攻擊，中途有兩個機器人突破屏障闖入了基地，伯恩和紅毒蛇施展精湛的戰鬥技能，將機器人擊毀，得到了美軍的信任。
原來，最近有一艘來自塞博坦星的外星飛船墜毀於此，成羣結隊的霸天虎企圖佔領地球，它們通過電腦網絡交流，火力強大，勢不可擋。幸好美軍基地中有各種高智能武器，抵擋下它們一波波的攻擊，不幸的是楊子榮上校在戰鬥中身受重傷，女上尉甜甜擔任起指揮基地的重任。
基地中的首席科學官安迪發現，伯恩隨身攜帶的電腦中有一種病毒，可以通過無線網感染霸天虎，使它們癱瘓。藉助伯恩的捕獵技能，他們制定了一個周密的計劃，活捉了一個霸天虎，為此伯恩不惜身陷險境，危急時刻，甜甜上尉下令使用質子武器救了他。
安迪的實驗成功，證明可以通過電腦病毒摧毀霸天虎。但是來自國防部的高官，堅持要將它帶回華盛頓供政府研究。與此同時，狡猾的紅毒蛇與潛伏於基地的間諜綠魔串通，趁亂偷走了質子武器。伯恩被誣陷為小偷，還好他救過一命的鹿鹿中士力證他的清白。
遠在華盛頓的科學家們壞了事，讓俘虜發出了求援信號，大批霸天虎通過密道穿越了防衞線，直闖白宮，頓時生靈塗炭。伯恩、甜甜、安迪和鹿鹿乘坐直升機，帶着電腦病毒前往營救。趁着霸天虎正搬運能量塊的短暫間歇，伯恩以超遠距離的一記逆天神狙，力挽狂瀾，拯救了全人類。
最終，伯恩找回了自己的記憶，他向甜甜做了告別，決定遠離間諜組織，歸隱江湖。在質子武器和戰友之間，他選擇了帶走被美軍捕獲的紅毒蛇。世人傳頌着傑恩•伯恩的名字，他成了一個傳奇。(摘自：豆瓣網 ID：方聿南)
