再生不良性貧血
這是氯黴素最嚴重副作用，即使停藥也無法恢復，是一種所有由骨髓製造的血球都減少的病症(pancytopenia);雖然發生的概率極低，但是卻能致死(死亡率高達80%)。一般而言，口服氯黴素的再生不良性貧血發生概率約為四萬分之一，點氯黴素眼藥水的發生概率則約為二十萬分之ㄧ以下。直到目前為止，氯黴素引起再生不良性貧血發生的可能性，仍無法以任何方式預測。
氯黴素的副作用
骨髓抑制
此一副作用較常發生，主要因為氯黴素對線粒體有毒性作用，可使得骨髓的造血功能下降;劑量越高作用越強。一般只要及時停藥，就可以復原。
灰嬰兒症候羣
症狀包括嬰兒不規則且淺的呼吸、低血壓、體温下降、無法吸奶、腹脹以及皮膚的灰藍色發紺現象。一般在嬰兒靜脈注射氯黴素時，可發生此一副作用，主要是因為初生的嬰兒肝臟功能不完全，使得氯黴素大量累積在體內，產生毒性作用。避免的方法包括減少使用劑量及監測血液濃度等，最好是不要在四歲以下兒童或是肝功能異常患者使用氯黴素。
其他可能相關病症
在孩童使用氯黴素，可增加白血病的發生概率;一般使用的時間越長，發生概率越大。氯黴素亦可造成噁心、嘔吐、頭痛、腹瀉、耳鳴、葉酸缺乏、肝臟功能下降、周邊神經炎等副作用。極少數患者可能會產生過敏現象。
氯黴素的副作用
眼科較常見副作用
可能會令眼睛灼痛(短暫)，或是視野模糊。
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