雖然口腔衞生是多數口臭的原因，但是口臭有時可顯示是身體罹患某種疾病。而從口氣也可初步判別到底身體哪裏出了差錯。
口氣帶有丙酮(acetone)或水果味。未獲控制的糖尿病，會使你更易患齒齦病和口腔乾燥。當血糖水平不穩時，虛弱的身體無法抵抗造成感染、傷害牙牀的細菌。這些感染可導致口臭。但是若呼氣帶有水果味或類似丙酮味，可能代表名為「酮酸中毒」的糖尿病併發症，酮酸累積在血液可導致糖尿病昏迷或死亡。
口氣帶有魚腥味。口氣帶有魚腥味或類似阿摩尼亞味，可能意味腎臟衰竭。腎臟負責移除血液的有毒化學物，但到了腎臟衰竭時，腎臟受損過重，無法過濾有毒物質，使得毒物累積體內。當腎臟衰竭影響呼吸系統，造成呼吸問題，口氣就可能有魚腥味。
口氣帶有酸味。睡了一晚覺早晨醒來，口臭是正常現象，因為睡覺時口水的生產減少，使得造成臭味的細菌有機會繁殖衍生。但是口水產量減少，有時是因為你睡覺時，把嘴巴張開太長時間。睡眠呼吸暫停和打呼的人，可能鼻子呼吸有問題，而把嘴巴張開，進而導致口臭。
胃食道逆流疾病。口臭可能代表腸胃不好，像胃酸倒流和胃食道逆流疾病(GERD)等消化疾病，可從口氣顯示，因為患者的胃無法有效處理食物，以後於食物開始腐化，甚至可能流回，造成口臭。
呼吸道感染。流感、支氣管炎和鼻竇炎等呼吸道感染，可以是口臭的根源。當呼吸道感染導致呼吸系統的組織發炎，會引發生產吃細菌的細胞和黏液。
蛀牙和齦炎。當牙齒的琺琅質被侵蝕，食物的分子會積在這些蛀牙的洞裏。刷牙無法刷掉這些食物，導致細菌滋生，造成口臭。牙牀若因感染細菌而發炎，導致疼痛和發臭的分泌物。
