安徽地跨長江、淮河、新安江三大流域，河流湖泊眾多，流域面積50平方公里以上的河流901條，常年水面面積1平方公里以上的天然湖泊128個，其中巢湖為全國五大淡水湖之一。為加強河湖保護管理，安徽牢固樹立綠色發展理念，在全省江河湖泊全面推行河長制，率先將“湖泊實行河長制”寫入地方性法規，創新體制機制，建設生態強省，努力實現綠水青山與金山銀山有機統一。
合肥市2013年開始探索實行河長制，編制河湖分級目錄，在河湖岸邊顯要位置樹立河長制公示牌，強化“一河一策”，完善考核體系，實施環巢湖地區生態保護與修復工程，明晰了河湖管理責任，推動了部門協調聯動，讓河流湖泊重新煥發活力。目前合肥市已設置市縣兩級總河長24名、副總河長40名，河長163名，覆蓋河渠134條、湖泊（含水庫）55座。通過實行河長制，合肥市重污染河流水質均有所好轉，主要污染物濃度不同程度下降，2016年巢湖平均水質由2011年的Ⅴ類好轉為Ⅳ類，河湖水環境得到明顯改善。
黃山市在新安江流域生態補償機制試點中，較早推行河長制管理，並進一步推開到全市全部河流和湖庫。目前已設立市縣鄉村四級河長537名，形成了政府主導、水利協調、部門聯動、全民參與的治水格局，新安江流域總體水質連續多年保持為優，河道水質及周邊生態環境不斷優化。
在開展試點的基礎上，安徽省出台全面推行河長制工作方案及實施意見，由省委、省政府主要負責同志擔任省級總河長，建立河長會議制度。加快構建省市縣鄉四級河長制體系，各級河長堅持守河有責、守河盡責，協調推進上下游、左右岸聯防聯控，着力打造河暢、水清、岸綠、景美的河湖生態新格局。
